Ateński klub założony w 1924 roku przez przybyszów z Konstantynopola.
AEK gra w Nea Filadelfeia na stadionie otwartym we wrześniu 2022 roku, zbudowanym na miejscu dawnego obiektu Nikos Goumas. Pierwszy mecz rozegrano 3 października: gospodarze pokonali Ionikos 4:1. Arena mieści 32 500 widzów; początkowo nosiła nazwę OPAP Arena, a od 2026 roku nazywa się Allwyn Arena.
Czerń i żółć nawiązują do bizantyjskich korzeni założycieli klubu.
W 1939 roku AEK zdobył pierwsze mistrzostwo Grecji, dokładając do niego krajowy puchar. Rok później obronił tytuł ligowy.
W 1977 dotarł do półfinału Pucharu UEFA. W ćwierćfinale z Queens Park Rangers odrobił trzybramkową stratę z Londynu: trafienie Mimisa Papaioannou głową doprowadziło do dogrywki, a w serii karnych rezerwowy bramkarz Nikos Christidis obronił dwa strzały. AEK wygrał serię 7:6, po czym w półfinale uległ Juventusowi.
Pod wodzą Dušana Bajevića klub zdobył mistrzostwo w 1989 roku, a następnie trzy kolejne tytuły w latach 1992–1994.
W 2023 roku ponownie wygrał ligę i puchar. W finale pokonał PAOK Saloniki 2:0. Harold Moukoudi otworzył wynik i został wybrany najlepszym piłkarzem meczu, a Fernandes zdobył drugą bramkę.
Mecze z Panathinaikosem i Olympiakosem są derbami ateńskiej aglomeracji.
