Ateńska drużyna z koniczyną w herbie, finalista Pucharu Europy z 1971 roku, prowadzona do mistrzostw przez Górskiego i Gmocha.
Historycznym domem klubu jest Leoforos, czyli stadion Apostolosa Nikolaidisa, na którym pierwszy oficjalny mecz rozegrał w styczniu 1924 roku. Na sezon 2026/2027 klub ogłosił przeniesienie spotkań domowych na Stadion Olimpijski w Atenach, znany jako OAKA.
Zieleń i biel to barwy drużyny. Koniczynę przyjęto jako symbol w 1918 roku z inicjatywy Michalisa Papazoglou; jej projekt przygotował George Hatzopoulos.
Giorgos Kalafatis założył klub piłkarski 3 lutego 1908 roku pod nazwą Football Club of Athens, w skrócie POA. Pierwsze mistrzostwo Grecji przyszło w 1930 roku, a pierwszy krajowy puchar w 1940 roku po wygranej 3:1 nad Arisem.
W 1971 roku zespół Ferenca Puskása dotarł do finału Pucharu Europy. Na Wembley przegrał z Ajaksem 0:2. Później do sukcesów klubu przyczynili się polscy trenerzy: Kazimierz Górski zdobył mistrzostwo w 1977 roku, a Jacek Gmoch w 1984 roku. Pod wodzą Gmocha drużyna doszła także do półfinału Pucharu Europy w 1985 roku.
Do półfinału Ligi Mistrzów wróciła w 1996 roku, eliminując po drodze Legię Warszawa. Wyjazdowe zwycięstwo 1:0 nad Ajaksem nie wystarczyło do awansu po porażce 0:3 w Atenach. W 2010 roku Panathinaikos zdobył ligowo-pucharowy dublet, a w 2022 i 2024 roku dołożył kolejne Puchary Grecji.
Rywalizacja z Olympiakosem jest znana jako derby wiecznych wrogów. Pierwszy towarzyski mecz między klubami rozegrano w czerwcu 1925 roku.
