Klub powstały w 2014 roku ze wspólnej inicjatywy A.E. Paphos i A.E.K. Kouklia, zdobywca Pucharu Cypru i mistrzostwa kraju.
Pafos FC powstało 10 czerwca 2014 roku, gdy A.E. Paphos i A.E.K. Kouklia połączyły siły. Zespół zaczynał w drugiej lidze.
18 maja 2024 roku Pafos zdobyło pierwszy puchar w swojej historii, pokonując Omonię 3:0 w finale na stadionie GSP w Nikozji. Tankovic otworzył wynik z rzutu karnego, a Dragomir i Pepe dołożyli kolejne bramki jeszcze przed przerwą. Ten sukces przyniósł klubowi również pierwszą kwalifikację do europejskich pucharów.
W sezonie 2024/25 Pafos sięgnęło po pierwsze mistrzostwo Cypru, wyprzedzając Aris Limassol o jeden punkt. Dotarło także do 1/8 finału Ligi Konferencji: po przejściu fazy ligowej wyeliminowało Omonię w barażach, a następnie odpadło z Djurgården. Pafos zostało też trzecim klubem z Cypru, który dotarł do głównej części Ligi Mistrzów, po APOEL i Anorthosis Famagusta.
