Klub z Limassol założony w 1954 roku, który w 2013 roku jako pierwszy cypryjski zespół wygrał mecz w Polsce, z Legią Warszawa.
Od końca 2022 roku Apollon gra na Alphamega Stadium w Limassol, który dzieli z AEL i Arisem. Obiekt, budowany pod nazwą Limassol Arena, otwarto 25 listopada 2022 roku; ma ponad 10 tysięcy miejsc. Wcześniej wszystkie trzy kluby z miasta grały na stadionie Tsirio, otwartym w 1975 roku.
Niebiesko-białe barwy wybrali założyciele klubu, bo to kolory flagi Grecji. Przydomek „Thrylos”, czyli „Legenda”, wywodzi się z czasów, gdy członkowie klubu brali udział w walce organizacji EOKA przeciwko Brytyjczykom.
Apollon powstał 14 kwietnia 1954 roku z inicjatywy narodowych stowarzyszeń Limassol. Miał łączyć sport z kulturą i wychowaniem młodzieży. 10 maja 1955 roku klub przystąpił do EOKA, która walczyła o zjednoczenie Cypru z Grecją; jego członkowie byli aresztowani przez Brytyjczyków.
Cypryjski związek przyjął Apollon do drugiej ligi w październiku 1955 roku. Debiutancki sezon zespół zakończył ośmioma porażkami w ośmiu meczach, ale już w 1957 roku awansował do pierwszej ligi i nie spadł z niej od tamtej pory. Pierwszy Puchar Cypru zdobył w 1966 roku, a rok później obronił trofeum.
W 1982 roku Apollon trafił w Pucharze Zdobywców Pucharów na FC Barcelonę z Diego Maradoną. Na wyjeździe przegrał 0:8, a w rewanżu na Tsirio zremisował 1:1 przy 12 tysiącach widzów.
Pierwsze mistrzostwo przyszło w 1991 roku pod wodzą niemieckiego trenera Diethelma Fernera. Tytuł zapewniło zwycięstwo 2:0 w derbach z AEL, a trzy lata później klub był mistrzem po raz drugi. W sezonie 2005/06 drużyna Bernda Stangego zdobyła trzecie mistrzostwo, nie przegrywając żadnego z 26 meczów ligowych.
W październiku 2013 roku Apollon wygrał 1:0 z Legią Warszawa w Warszawie po golu Gastóna Sangoya, jako pierwszy cypryjski klub, który wygrał mecz w Polsce. W ostatniej kolejce w Nikozji wygrała Legia 2:0, ale to Apollon zajął w grupie trzecie miejsce, przed mistrzem Polski. Rok później awansował do fazy grupowej, wygrywając w Moskwie z Lokomotiwem 4:1. W 2018 roku, po wyeliminowaniu FC Basel, zagrał w fazie grupowej Ligi Europy po raz czwarty, co było rekordem wśród cypryjskich klubów. W 2020 roku w eliminacjach przegrał u siebie z Lechem Poznań 0:5.
Czwarte mistrzostwo Apollon zdobył w maju 2022 roku, po 16 latach przerwy, z niemieckim trenerem Alexandrem Zornigerem. Kluczowe było zwycięstwo 3:2 z APOEL-em na Tsirio, a tytuł przypieczętowała wygrana 4:1 z Arisem na kolejkę przed końcem sezonu.
Najważniejszym rywalem jest AEL Limassol, z którym Apollon przez dekady dzielił stadion Tsirio, a dziś dzieli Alphamega Stadium. W lutym 2021 roku przed derbami kibice obu klubów starli się na ulicach miasta, a Apollon potępił przemoc w oświadczeniu.
