Zdobywca dwóch europejskich trofeów w 1983 roku, gdy drużyna Alexa Fergusona pokonała Real Madryt i Hamburger SV.
Domem klubu jest Pittodrie Stadium w Aberdeen. Na tym boisku od 1899 roku występował już poprzednik klubu, jedno z trzech zespołów połączonych cztery lata później.
Czerwień przyjęto w 1939 roku po sporze o stroje przed półfinałem Pucharu Szkocji z Motherwell. Oba zespoły chciały zagrać w białych koszulkach zastępczych, a federacja nakazała Aberdeen występ w czerwieni. Nowy kolor spodobał się kibicom i pozostał na stałe, zastępując czarno-złote pasy używane od 1904 roku.
Klub powstał w 1903 roku z połączenia Aberdeen, Orion i Victoria United. Wspólne przedsięwzięcie miało pomóc miejskim zespołom dostać się do ligi szkockiej, o co wcześniej bezskutecznie zabiegały osobno.
Pierwsze mistrzostwo Szkocji zdobyła w 1955 roku drużyna Dave’a Hallidaya. Tytuł przypieczętowała wyjazdowym zwycięstwem 1:0 nad Clyde, a decydujący rzut karny wykorzystał Archie Glen.
Pod wodzą Alexa Fergusona Aberdeen wywalczyło kolejne mistrzostwa w 1980, 1984 i 1985 roku. Największy europejski sukces przyniósł finał Pucharu Zdobywców Pucharów z Realem Madryt 11 maja 1983 roku w Göteborgu: zespół z kapitanem Williem Millerem wygrał 2:1 po dogrywce, a zwycięską bramkę zdobył rezerwowy John Hewitt. W grudniu Aberdeen zdobyło Superpuchar Europy po dwumeczu z Hamburger SV.
W 2025 roku Aberdeen sięgnęło po Puchar Szkocji po raz pierwszy od 1990 roku. Po remisie 1:1 z Celtikiem finał rozstrzygnęły rzuty karne, w których Dimitar Mitow obronił strzały Calluma McGregora i Alistaira Johnstona.
Spotkania z Dundee United noszą nazwę New Firm. Określenie wiąże się z sukcesami obu klubów na początku lat 80., gdy zespoły Fergusona i Jima McLeana rzuciły wyzwanie dominacji Celtiku i Rangers.
