Obecny mistrz Holandii zdecydował się zwolnić młodego zawodnika na wolny transfer.

Brazylijczyk przybył do Eindhoven w 2007 roku z Corinthians, mając nadzieję na regularne występy w składzie i rozwijanie swoich umiejętności. Niestety stało się inaczej i Fagner rzadko pojawiał się na boisku.
Po przybyciu do klubu trenera Huuba Stevensa obrońca na dobre wypadł ze składu. Wyższe notowania na prawej stronie defensywy mieli Carlos Salcido i Jan Krompkamp, a nawet nominalny pomocnik Jason Culina.
Widząc tę trudną sytuację. Fagner zdecydował się rozwiązać kontrakt za porozumieniem stron i wrócić do Brazylii, by tam kontynuować karierę.
W trakcie swojej krótkiej kariery w Eredivisie Fagner wystąpił w zaledwie trzech spotkaniach, jednak mimo iż były to niepełnowymiarowe występy, udało się mu zdobyć jedną bramkę.
19-letni obrońca jest uważany za bardzo drobnego zawodnika i to właśnie brak dobrych warunków fizycznych mógł być przeszkodą na drodze do zrobienia kariery w Holandii.