Stołeczny klub o zielono-białych barwach, który w 2021 roku jako pierwszy z Estonii dotarł do fazy grupowej europejskich pucharów.
Flora gra na A. Le Coq Arena w tallińskiej dzielnicy Lilleküla. Otwarty w 2001 roku stadion mieści 14 405 widzów na miejscach siedzących. W 2018 roku rozegrano tu Superpuchar Europy między Realem Madryt a Atlético Madryt.
Klubowe kolory to zieleń i biel, którym przypisano znaczenie wzrostu, czystości i uczciwości. W herbie znajduje się bogini Flora, od której klub przyjął nazwę.
Klub powstał 10 marca 1990 roku z inicjatywy Aivara Pohlaka, na bazie młodzieżowej drużyny Tallinna Lõvid. Pierwsze mistrzostwo zdobył w sezonie 1993/94 po zwycięstwie 5:2 nad Normą w dodatkowym meczu o tytuł. W latach 2001–2003 zespół Arno Pijpersa wygrał ligę trzy razy z rzędu.
Martin Reim, piłkarz Flory w latach 1992–2008, wrócił do klubu jako trener i poprowadził go do mistrzostw w 2010 i 2011 roku. W drugim z tych sezonów drużyna zdobyła również Puchar i Superpuchar Estonii.
Europejski przełom przyniósł awans do grupy Ligi Konferencji w 2021 roku po wyeliminowaniu Shamrock Rovers. Rauno Sappinen strzelił osiem goli w kwalifikacjach. W fazie grupowej Martin Miller zapewnił zwycięstwo 1:0 nad Partizanem: trafił głową po podaniu Markusa Pooma. Była to pierwsza wygrana estońskiego klubu na tym etapie rozgrywek UEFA.
Wybrane trofea pierwszej drużyny:
Derby Tallinna rozgrywa z FCI Levadią. Rywalizacja obejmuje także walkę o krajowe mistrzostwo: w 2010 roku Flora zakończyła serię czterech tytułów Levadii.
