Klub z Nikozji z koniczyną w herbie, który pierwsze mistrzostwo Cypru zdobył w 1961 roku.
Domowym stadionem Omonii jest GSP.
Zieleń i biel wybrano w 1948 roku jako kolory nadziei i radości, a symbolem klubu została koniczyna.
Omonia powstała w czerwcu 1948 roku z inicjatywy piłkarzy, którzy odeszli z APOEL-u w okresie politycznych podziałów w cypryjskim sporcie. Na zgromadzeniu 17 czerwca przyjęto nazwę stowarzyszenia Omonia Nikozja i jego pierwszy statut.
Początkowo drużyna rywalizowała w niezależnych rozgrywkach KEPO, a w 1953 roku dołączyła do federacji cypryjskiej i jej pierwszej ligi. W 1972 roku zdobyła pierwszy dublet, wygrywając ligę oraz finał Pucharu Cypru z Pezoporikosem 3:1.
Sotiris Kaiafas dołączył do klubu w 1965 roku, a dwa lata później zadebiutował w pierwszej drużynie. Początkowo grał jako środkowy obrońca, lecz w sezonie 1967/68 przesunięto go do ataku, szukając rozwiązania problemów ze zdobywaniem bramek. W 1976 roku został najskuteczniejszym strzelcem Europy.
Podczas kryzysu finansowego w 2013 roku kibice zebrali ponad dwa miliony euro, pomagając utrzymać klub przy życiu. W czerwcu 2018 roku spółka Omonia Football przejęła zarządzanie sekcją piłkarską na podstawie umowy ze stowarzyszeniem.
