Po siedemnastu latach gry w piłkę Marek Jakulovski zdecydował się zakończyć karierę. Mistrzostwo Włoch było jego ostatnim tytułem, jaki zdobył w roli zawodnika.
Marek Jakulovski swoją przygodę z profesjonalnym futbolem rozpoczął w 1994 roku, kiedy to trafił do pierwszej drużyny Banika Ostrawa. Przez jeden sezon wystąpił tylko w 10 spotkaniach i zdobył jedną bramkę. W 1996 roku działacze klubu z Ostrawy zdecydowali się wypożyczyć młodego obrońcę do VTJ Znojmo, gdzie miał szansę na regularną grę. W ciągu kilkunastu miesięcy rozegrał 15 meczów i zdobył 10 bramek, co jak na lewego obrońce było wynikiem bardzo dobrym. Po zakończeniu wypożyczenia wrócił do Ostrawy, gdzie stał się podstawowym zawodnikiem. Przez kolejne cztery lata wystąpił w 100 meczach i zdobył 14 bramek, jednak fantastyczna forma sprawiła, że Jankulovskim zainteresowali się włodarze z Napoli.
W 2000 roku Czech podpisał trzyletni kontrakt z SSC Napoli. Barw drużyny z Neapolu reprezentował do 2002 roku, kiedy to po zmianie trenera stracił miejsce w pierwszej jedenastce. Przez dwa lata rozegrał 51 dobrych spotkań. Po zakończeniu sezonu 2001/2002 po Jankulovskiego zgłosiło się Udinese, w którym występował do 2005 roku.
Świetna forma, jaką prezentował przez cały okres gry w Udinese, sprawiła, że w 2005 reprezentanta Czech pozyskał AC Milan.
Przez sześć kolejnych lat Marek Jakulovski dumnie reprezentował barwy drużyny z Mediolanu, wygrywając Ligę Mistrzów, Superpuchar Europy, Puchar Interkontynentalny oraz mistrzostwo Włoch.
