Pierwszy armeński klub w fazie ligowej Ligi Europy, do której awansował w 2026 roku.
Klub powstał w 2017 roku w Erywaniu jako Avan Academy. W 2018 roku zarządzanie przejęła firma Tashir, a zespół otrzymał nazwę Ararat-Armenia.
Pierwszy sezon w profesjonalnych rozgrywkach, 2017/18, rozegrał w drugiej lidze. Zajął trzecie miejsce i po spełnieniu wymogów licencyjnych uzyskał prawo gry w ekstraklasie. Już w debiutanckim sezonie 2018/19 zdobył mistrzostwo Armenii, rozstrzygając walkę o tytuł w ostatniej kolejce. W 2020 roku obronił tytuł dzięki zwycięstwu 2:0 nad Noah w ostatniej rundzie rozgrywek.
W 2019 roku pokonał Alashkert w Superpucharze Armenii imienia Hakoba Tonoyana. W sezonach 2019/20 i 2020/21 docierał do ostatniej rundy eliminacji Ligi Europy. Pierwszy Puchar Armenii zdobył w 2024 roku, wygrywając finał z Urartu po remisie 1:1 i serii rzutów karnych zakończonej wynikiem 5:3. W 2025 roku dołożył Superpuchar po zwycięstwie 4:0 nad Pjunikiem.
W czerwcu 2025 roku trenerem został Portugalczyk Manuel Tulipa. Po mistrzowskim sezonie opowiadał, że do grudnia zespół przyzwyczajał się do nowego sztabu i jego pomysłów. W sezonie 2025/26 Ararat-Armenia odzyskał mistrzostwo po sześciu latach przerwy.
27 sierpnia 2026 roku zapewnił sobie awans do fazy ligowej Ligi Europy, pokonując Universitateę Craiova 1:0 i wygrywając dwumecz 2:1. Debiut w tej fazie, 16 września 2026 roku, zakończył się porażką 1:4 ze Spartą Praga.
