Pierwszy klub z Gibraltaru, który dotarł do fazy grupowej europejskich pucharów; wcześniej pokonał u siebie Celtic.
Przez lata drużyna grała na Victoria Stadium, przy lotnisku w Gibraltarze. Stary obiekt pożegnano w czerwcu 2025 roku przed przebudową. W latach 2025–2026 Lincoln rozgrywał spotkania na Europa Point Stadium, w tym mecze europejskich pucharów.
Klubowe barwy to czerwień i czerń. Nazwa nawiązuje do angielskiego Lincoln City; oba kluby połączyła znajomość założyciela Charlesa Polsona z Regiem Brealeyem.
Klub powstał w 1976 roku z inicjatywy Charlesa Polsona i Charlesa Heada, a jego pierwszą drużynę tworzyli zawodnicy młodzieżowego zespołu Blue Batons. Zaczął od miejscowej czwartej ligi. W debiutanckim sezonie na najwyższym szczeblu, 1984/1985, od razu zdobył mistrzostwo.
W latach 2003–2016 wywalczył czternaście tytułów z rzędu. Do europejskich pucharów przystąpił w 2014 roku, a dwa lata później pokonał Celtic 1:0 po golu Lee Casciaro w eliminacjach Ligi Mistrzów. Rewanż przegrał 0:3 i odpadł z rozgrywek.
W 2021 roku jako pierwszy zespół z Gibraltaru awansował do fazy grupowej pucharów UEFA, eliminując Riga FC po dogrywce. Zagrał w pierwszej edycji Ligi Konferencji. Cztery lata później odniósł pierwsze zwycięstwo w fazie zasadniczej europejskich rozgrywek, pokonując Lecha Poznań 2:1.
Na pięćdziesięciolecie klubu przypadł sezon 2025/2026 zakończony mistrzostwem, Rock Cup i Pepe Reyes Cup. Tytuł ligowy zdobyty w kwietniu 2026 roku był trzydziestym w jego historii.
Do krajowych rywali należy Europa FC, z którym Lincoln spotykał się w walce o mistrzostwo Gibraltaru.
