Biało-niebiescy znad morza po raz pierwszy awansowali na zaplecze ekstraklasy w 2024 roku.
Stadion im. Sebastiana Karpiniuka przy ul. Śliwińskiego w Kołobrzegu przebudowano w latach 2009–2011. Na oficjalne otwarcie Kotwica zremisowała z Lechem Poznań 1:1. Podczas Euro 2012 trenowała tu reprezentacja Danii.
Klubowe kolory to biały i niebieski. Do piłkarzy przylgnął przydomek „Kotwa”.
Początki sięgają Kolejarza-Bałtyku, założonego w 1946 roku przez mieszkańców związanych m.in. z koleją, pocztą i rzemiosłem. Nazwa Kotwica pojawiła się w 1958 roku.
W 2008 roku zespół trafił do nowej II ligi, czyli na trzeci szczebel rozgrywek. Pierwszy pobyt trwał sezon; kolejne awanse przyszły w 2014 i 2022 roku. Dwa lata po tym ostatnim drużyna Ryszarda Tarasiewicza wywalczyła pierwszy awans do I ligi, pokonując Hutnika Kraków 2:0.
Po spadku z I ligi w 2025 roku powstał odrębny Morski Klub Sportowy Kotwica Kołobrzeg. Nowy zespół rozpoczął grę w klasie okręgowej. W czerwcu 2026 roku zakończył sezon awansem do IV ligi.
