Powstała po upadku Victorii i zaczynała w B-klasie, a w 2012 roku zajęła czwarte miejsce w zachodniej grupie II ligi.
Stadion Miejski przy ulicy Sportowej 6 w Jarocinie. Jesienią 2010 roku Jarota rozgrywała domowe mecze na obiekcie Warty Poznań, ponieważ jej stadion nie spełniał wymogów licencyjnych. Po przebudowie z 2011 roku wróciła do Jarocina.
Żółto-czerwono-niebieskie.
Klub założono w 1998 roku, po rozwiązaniu Victorii Jarocin. Inicjatorem był Jan Raczkiewicz. Pierwszy zespół, prowadzony przez Mariana Furmaniaka, rozpoczął rozgrywki w B-klasie pod nazwą Jarota Merkar.
W 2006 roku drużyna Czesława Owczarka wygrała baraże o dawną III ligę z Nielbą Wągrowiec. Po porażce 0:1 na wyjeździe zwyciężyła u siebie 4:0. Dwa lata później znalazła się w zreorganizowanej II lidze, na trzecim szczeblu rozgrywek.
W sezonie 2011/2012 zakończyła rywalizację na czwartym miejscu w grupie zachodniej. Rozgrywki zaczynała z Owczarkiem, którego zastąpił Tomasz Mazurkiewicz, a kończyła pod wodzą Janusza Niedźwiedzia.
W 2020 roku do pracy w klubie dołączył dyrektor skautingu Maciej Maćkowiak. W rozmowie z iGolem opowiadał o społecznej pracy przy wyszukiwaniu piłkarzy, przede wszystkim z Wielkopolski.
Do ważnych rywali należy Nielba Wągrowiec. Po barażach z 2006 roku kluby spotkały się także w finale wojewódzkiego Pucharu Polski w 2007 roku, wygranym przez Jarotę 3:0.
