Klub z Koszyc utworzony w 2018 roku, który pięć lat później wygrał drugą ligę i awansował do słowackiej elity.
FC Košice rozgrywa domowe mecze na Košickiej futbalovej arénie, do której przeniósł się w lutym 2022 roku ze stadionu Lokomotívy w dzielnicy Čermeľ. Pierwszy ligowy mecz na KFA odbył się 25 lutego 2022 roku i zakończył zwycięstwem nad Rohožníkiem 4:0. Drużyna korzystała z obiektu jeszcze podczas jego budowy; ukończenie całego stadionu i dopuszczenie go do użytkowania nastąpiło w kwietniu 2024 roku.
W czerwcu 2018 roku połączono drużynę seniorów FK Vyšné Opátske z zespołami młodzieżowymi FK Košice-Barca, tworząc nowy FC Košice. Władze nowego klubu podkreślały jego odrębność od dawnych 1. FC Košice i VSS Košice. Prezes Dušan Trnka chciał oprzeć rozwój na akademii, która przygotowywałaby wychowanków do gry w pierwszej drużynie.
Zespół rozpoczął od trzeciej ligi i już w pierwszym sezonie, 2018/19, wywalczył awans na drugi szczebel. W tym samym sezonie dotarł do 1/8 finału Pucharu Słowacji, eliminując po drodze drugoligową Dubnicę zwycięstwem 1:0. Pierwszy sezon w drugiej lidze nie został dokończony z powodu pandemii, a kolejny także był przez nią przerywany.
Jedną z ważnych postaci awansu do elity był Erik Pačinda, który w 2021 roku wrócił do rodzinnych Koszyc z zamiarem pomocy klubowi w wejściu do pierwszej ligi. Jako kapitan i strzelecki lider drużyny miał duży udział w osiągnięciu tego celu. Wspominał, że w początkowym okresie gry w Čermeli zawodnicy prali stroje treningowe i meczowe we własnych domach.
W sezonie 2022/23 drużyna prowadzona przez Antona Šoltisa wygrała drugą ligę i uzyskała bezpośredni awans do najwyższej klasy. Pewność pierwszego miejsca dało zwycięstwo 2:0 nad Spartakiem Myjava oraz równoczesna porażka Tatrana Prešov w Dolnym Kubínie. Obie bramki w meczu z Myjavą padły po strzałach głową: najpierw trafił Jakub Jakubko, a później Ján Mizerák.
22 lipca 2024 roku Košice zremisowały w sparingu z AS Roma 1:1. Mecz był również pożegnaniem Pačindy: po dziesięciu minutach oddał opaskę kapitańską Nicolasowi Gorositowi i zszedł z boiska przez szpaler utworzony przez kolegów.
Spotkania z Tatranem Prešov są derbami wschodniej Słowacji, związanymi z historyczną rywalizacją Koszyc i Preszowa. Oba kluby rywalizowały także o awans w sezonie 2022/23, gdy Košice zakończyły walkę o pierwsze miejsce przed Tatranem.