Zielono-biali z Tallinna, rywale Flory, którzy w 2009 roku wyeliminowali Wisłę Kraków z kwalifikacji Ligi Mistrzów.
Od 2018 roku zespół rozgrywa domowe mecze na A. Le Coq Arena w Tallinnie. Przeniósł się tam z Kadriorgu po połączeniu Levadii z FC Infonet.
Klubowe kolory to zielony i biały.
Początki Levadii wiążą się z Maardu, miastem pod Tallinnem. W 1998 roku przedsiębiorstwo metalowe Levadia przejęło FC Olümp Maardu, a pod koniec tego samego roku klub połączył się z Tallinna Sadama JK. Pod nazwą FC Levadia Maardu zdobył mistrzostwa Estonii w 1999 i 2000 roku. Po późniejszych zmianach organizacyjnych i nazwach kolejny etap rozpoczęła fuzja z FC Infonet: od 2018 roku pierwsza drużyna występuje jako FCI Levadia.
W 2006 roku zespół Tarmo Rüütliego, z kapitanem Konstantinem Vassiljevem, pokonał w kwalifikacjach Pucharu UEFA fińską Hakę i holenderskie FC Twente. Po remisie 1:1 w Enschede wygrał rewanż 1:0 i jako pierwszy estoński klub dotarł do pierwszej rundy głównej tych rozgrywek.
Trzy lata później Levadia zatrzymała mistrza Polski. Po remisie 1:1 na wyjeździe pokonała Wisłę Kraków 1:0 w Tallinnie. W 89. minucie Vladislav Ivanov trafił z rzutu wolnego z około 25 metrów, ustalając wynik dwumeczu na 2:1.
W dublecie z 2021 roku szczególny udział miał Robert Kirss. W finale Pucharu Estonii zdobył przewrotką jedyną bramkę w meczu z Florą. Później strzelił oba gole Levadii w kończącym sezon ligowy spotkaniu z tym samym rywalem. Remis 2:2 wystarczył do mistrzostwa: zespół utrzymał punkt przewagi, choć ostatnie dwadzieścia minut grał w osłabieniu.
W 2024 roku Levadia ponownie połączyła mistrzostwo z krajowym pucharem. W finale przeciwko Paide Linnameeskond odrobiła dwubramkową stratę i wygrała 4:2.
Wybrane trofea:
Głównym rywalem jest FC Flora Tallinn. Ich derby łączą miejską rywalizację z walką o krajowe trofea; w 2021 roku zespoły spotkały się zarówno w finale pucharu, jak i w ostatnim meczu rozstrzygającym mistrzostwo.
