Klub wywodzący się ze środowiska studentów Klużu, zdobywca Pucharu Rumunii w 1965 roku.
Universitatea Cluj gra na Cluj Arena w Klużu-Napoce, otwartej w 2011 roku meczem towarzyskim z Kubaniem Krasnodar. Stadion powstał w miejscu dawnego obiektu Ion Moina, rozebranego w 2008 roku.
Barwami klubu są biel i czerń. Przed pierwszym oficjalnym meczem w 1920 roku dwaj studenci przywieźli z Pragi czarno-białe stroje oraz buty piłkarskie.
Początki Universitatei sięgają jesieni 1919 roku i studenckiego stowarzyszenia Petru Maior, które przeniosło się z Budapesztu do Klużu. Powstanie klubu wsparł lekarz Iuliu Hațieganu. W pierwszym oficjalnym spotkaniu, 16 maja 1920 roku, drużyna pokonała na wyjeździe Glorię Arad 3:1.
Zespół przeszedł przez okres przenosin do Sibiu, a 26 lipca 1945 roku wrócił do Klużu. Jednym z piłkarzy, którzy pozostali przy nim także w Sibiu, był Mircea Luca. W 1950 roku pomógł w awansie do pierwszej ligi, a w meczu z Locomotivą CFR zastąpił kontuzjowanego bramkarza Crăciuna. Przez kolejnych sześć lat był kapitanem drużyny w najwyższej klasie rozgrywkowej. W 2013 roku kibice odsłonili jego pomnik przy Cluj Arena.
Puchar Rumunii z 1965 roku zespół zdobył pod nazwą Știința Cluj. W półfinale zremisował z Progresulem Bukareszt 2:2, a o awansie rozstrzygnęła niższa średnia wieku jego zawodników. W finale na stadionie Republicii w Bukareszcie pokonał Dinamo Pitești 2:1 dzięki bramkom Remusa Câmpeanu i Zoltana Ivansuca. Câmpeanu, lewy obrońca związany z klubem od 1960 roku, później był jego kapitanem i prezesem, pełniąc tę ostatnią funkcję do 1989 roku.
W 2015 roku Universitatea przegrała finał Pucharu Rumunii z FCSB 0:3. Po finansowej zapaści i bankructwie dawnej spółki nowy projekt sportowy rozpoczęto w 2016 roku od czwartej ligi. Wsparcia udzieliły mu miasto i sześć miejscowych uczelni, a w odbudowę zaangażował się Ioan Ovidiu Sabău. Powrót do elity udał się w 2022 roku pod wodzą Erika Lincara: Universitatea pokonała w barażu Dinamo Bukareszt 2:0 u siebie i zremisowała 1:1 na wyjeździe.
W 2023 roku ponownie dotarła do finału Pucharu Rumunii, w którym uległa Sepsi OSK po rzutach karnych. Czwarte miejsce w sezonie 2024/2025 dało jej udział w eliminacjach Ligi Konferencji.
Miejskim rywalem Universitatei jest CFR Cluj, z którym rozgrywa derby Klużu.