Normandzki klub nazwany na cześć poety François de Malherbe'a, finalista Pucharu Ligi Francuskiej z 2005 roku.
Od 1993 roku Stade Malherbe gra na Stade Michel-d'Ornano w Caen. Stadion zainaugurowano 6 czerwca 1993 roku w obecności premiera Édouarda Balladura meczem z Bayernem Monachium, wygranym przez gospodarzy 4:1. Pierwszy gol na nowym obiekcie strzelił Xavier Gravelaine. Murawa leży sześć metrów poniżej poziomu gruntu, żeby trybuny nie były zbyt wysokie. Wcześniej klub grał na stadionie Venoix, nazywanym w czasach gry w ekstraklasie „petit chaudron”, czyli „mały kocioł”.
Klub gra w czerwono-niebieskich barwach, które przejął od Club Sportif Caennais, jednego z dwóch klubów założycielskich. Nazwę dało mu liceum Malherbe, a liceum nosi imię François de Malherbe'a, urodzonego w Caen w 1555 roku poety dworu Henryka IV.
Klub powstał jesienią 1913 roku z połączenia dwóch drużyn: licealnego Club Malherbe Caennais, który grał w biało-czarnych strojach, i Club Sportif Caennais. Według klubu Stade Malherbe Caennais założono 17 listopada 1913 roku na tarasie kawiarni du Chalet. W czasie I wojny światowej zginęło 39 członków klubu, a ich nazwiska widnieją na tablicy przed wejściem honorowym na stadion.
W latach 1933–1938 Stade Malherbe próbował gry zawodowej w drugiej lidze, po czym wrócił do statusu amatorskiego. W latach 50. zasłynął w Pucharze Francji. W 1953 roku wyeliminował Stade de Reims, wtedy najbardziej renomowany klub we Francji, a w 1958 roku rozegrał z FC Nantes pięć meczów, bo cztery pierwsze kończyły się remisami. Po tej serii zmieniono regulamin rozgrywek.
Zawodowstwo wróciło w 1985 roku, razem z utworzeniem ośrodka szkolenia. Latem 1988 roku, po barażach z Alès, Lyonem i Niort, klub po raz pierwszy awansował do ekstraklasy. W sezonie 1991/92 zajął piąte miejsce i zakwalifikował się do Pucharu UEFA. Jesienią 1992 roku na Venoix pokonał Real Saragossa 3:2, ale w rewanżu odpadł.
W 1996 roku Caen wygrał drugą ligę i wrócił do ekstraklasy po roku przerwy. W następnych latach klub wypromował między innymi Williama Gallasa i Jérôme'a Rothena. 30 kwietnia 2005 roku, w pierwszym wielkim finale w swojej historii, przegrał na Stade de France ze Strasbourgiem 1:2. Wyrównującego gola strzelił Sébastien Mazure.
W 2014 roku, w sezonie stulecia, drużyna Patrice'a Garande'a znów awansowała do Ligue 1, a Mathieu Duhamel został królem strzelców drugiej ligi. 30 lipca 2024 roku fundusz Coalition Capital Kyliana Mbappé kupił 80 procent udziałów klubu od amerykańskiego funduszu Oaktree. Niecały rok później, 18 kwietnia 2025 roku, po porażce 0:3 u siebie z Martigues, Caen był już pewny spadku z Ligue 2 do National.