Najwyżej Włocłavia dotarła do II ligi, w której występowała w sezonie 1997/1998.
W 2010 roku Włocłavia rozgrywała trzecioligowe mecze na stadionie Ośrodka Sportu i Rekreacji we Włocławku. Obiekt piłkarsko-lekkoatletyczny przy alei Chopina zmodernizowano w 2014 roku. Jesienią tego roku pierwszym ligowym rywalem Włocłavii na przebudowanym stadionie była Pogoń Mogilno.
Klub ma barwy niebiesko-biało-czerwone.
Na historię Włocłavii złożyły się losy kilku włocławskich zespołów. W styczniu 1960 roku powołano Włocławiankę, łącząc młodzież Celulozy i Stali. Seniorzy tych klubów początkowo grali osobno: Celuloza w klasie A, a Stal w III lidze. Przed sezonem 1961/1962 połączono ich w jedną trzecioligową drużynę Włocławianki. W 1974 roku władze miasta zdecydowały o fuzji Włocławianki i Kujawiaka, z której powstała Włocłavia.
W sezonie 2007/2008 Włocłavia występowała w kujawsko-pomorskiej IV lidze. Wiosną tego sezonu pokonała u siebie Pogoń Mogilno 2:0 po golach Radosława Wucińskiego i Billy’ego Abbotta. Po reorganizacji rozgrywek trafiła do III ligi kujawsko-pomorsko-wielkopolskiej, stanowiącej czwarty poziom rozgrywkowy. Grała w niej do sezonu 2010/2011.
W rozgrywkach 2011/2012 trenerem zespołu był Wiesław Borończyk. Włocłavia rywalizowała wówczas z Pogonią Mogilno, Unią Solec Kujawski i Flisakiem Złotoria o powrót do III ligi. Awans wywalczyła Pogoń, a Włocłavia zajęła drugie miejsce.
W sezonie 2012/2013 włocławianie zdobyli Puchar Polski na szczeblu Kujawsko-Pomorskiego ZPN. W półfinale dwukrotnie pokonali Pogoń Mogilno, wygrywając 3:0 i 2:0. W rozgrywkach 2013/2014 ponownie grali w III lidze kujawsko-pomorsko-wielkopolskiej i utrzymali się na tym poziomie także na kolejny sezon. Sezon 2015/2016 rozpoczęli już w IV lidze.
Włocłavia Włocławek gra u siebie na Stadionie Kujawiaka Włocławek. Stadion mieści 4840 widzów.