W 2026 roku Vardar sięgnął po 12. mistrzostwo Macedonii, mając w dorobku także Puchar Jugosławii z 1961 roku.
W 2011 roku w Skopju otwarto przebudowany stadion Filip II Macedoński, powstały na miejscu stadionu Gradski. Wtedy zapowiedziano, że na tym obiekcie będą grać Vardar i Rabotnički.
Vardar gra w czerwieni i czerni; klub nazywa swoją drużynę Czerwono-Czarnymi.
Klub podaje, że powstał 22 lipca 1947 roku z połączenia FK Makedonija i FK Pobeda. W 1961 roku pokonał Varteks 2:1 w finale Pucharu Jugosławii w Belgradzie.
Darko Panczew przeszedł w Vardarze od drużyn młodzieżowych do pierwszej drużyny i był jednym z liderów zespołu w latach 80. Zagrał z nim w Pucharze Europy 1987/88, choć mistrzostwo Jugosławii za poprzedni sezon ostatecznie przypadło Partizanowi po wygranym odwołaniu.
W 1993 roku Vardar zdobył pierwszy dublet w niepodległej Macedonii. W 2017 roku wyeliminował Malmö w eliminacjach Ligi Mistrzów, ale odpadł z Kopenhagą. Następnie pokonał Fenerbahçe w barażu i awansował do fazy grupowej Ligi Europy.
Po problemach finansowych spadł w 2021 roku do drugiej ligi, a dwa lata później wrócił po zwycięstwie w barażu z Detonitem Plačkovica. W 2025 roku zdobył Puchar Macedonii po 18 latach przerwy. Rok później świętował 12. mistrzostwo kraju po zwycięstwie 3:0 nad Shkëndiją Tetovo.
Rabotnički to miejski rywal Vardaru w Skopju. Mecze z Pelisterem z Bitoli są nazywane Wiecznymi Derbami Macedonii.
Wardar Skopje gra u siebie na Toše Proeski Arenie. Stadion mieści 32 580 widzów.
