Gdańskie rezerwy służyły rozwojowi juniorów w piłce seniorskiej, a w 2015 roku zajęły drugie miejsce w grupie bałtyckiej III ligi.
W 2010 roku Lechia Gdańsk II grała już w III lidze. Awans rezerw miał podnieść poziom sportowy juniorów przez rywalizację w rozgrywkach seniorskich. Sezon 2014/15 zespół zakończył na drugim miejscu w grupie bałtyckiej III ligi. W ostatnim meczu z Gwardią Koszalin Łukasz Kopka wykorzystał rzut karny w doliczonym czasie gry, zapewniając rezerwom wyrównanie i utrzymanie tej pozycji.
Od sezonu 2018/19 drugi zespół został przyjęty do IV ligi decyzją zarządu Pomorskiego ZPN. W 2021 roku trener Maciej Duraś stawiał rozwój młodych zawodników na pierwszym miejscu. Chciał, by drużyna częściej utrzymywała się przy piłce i grała ofensywnie, a za szczególnie trudne zadanie uznawał rozwijanie umiejętności defensywnych u piłkarzy zaczynających grę wśród seniorów.
W czerwcu 2022 roku klub zdecydował, że nie zgłosi rezerw do rozgrywek sezonu 2022/23. Decyzję uzasadniał niedostateczną liczbą i złym stanem boisk treningowych, które utrudniały szkolenie w akademii. Dopuszczał ponowne zgłoszenie drużyny, gdy pozwoli na to infrastruktura treningowa.