Żółto-niebieski klub z Bonifiki, mistrz Słowenii z 2010 roku i czterokrotny zdobywca krajowego pucharu.
FC Koper rozgrywa domowe mecze na stadionie Bonifika w Koper. Pierwszy stadion w tym miejscu powstał w 1948 roku. Obiekt gruntownie przebudowano w 2010 roku, a mecz otwierający odnowioną Bonifikę odbył się 30 października przeciwko Olimpiji.
Barwy klubu to żółty i niebieski. Drużyna jest znana jako „Kanarčki”, czyli Kanarki.
Zorganizowany futbol w Koper rozwijał się już w okresie międzywojennym. Nazwa NK Koper pojawiła się w 1955 roku.
W sezonie 1984/1985 zespół prowadzony przez Lučja Pertiča wygrał ligę słoweńską, stanowiącą wówczas trzeci szczebel rozgrywek Jugosławii. Najlepszym strzelcem zespołu był Željko Studen. Koper ponownie zdobył tytuł mistrza ligi republikańskiej w sezonie 1987/1988.
W 2003 roku dotarł do półfinału Pucharu Intertoto, w którym przegrał z SC Heerenveen. Pierwsze dwa Puchary Słowenii zdobył w 2006 i 2007 roku: najpierw pokonał Celje po rzutach karnych, a następnie Maribor 1:0.
W 2010 roku drużyna Nedžada Okčiča zdobyła mistrzostwo niepodległej Słowenii. Tytuł przypieczętowała 24 kwietnia, cztery kolejki przed końcem sezonu, wygrywając 2:0 na wyjeździe z Rudar Velenje po golach Mitji Brulca i Dare Vršiča. Kapitan Miran Pavlin podkreślał, że starał się zaszczepić w zespole nastawienie na zwycięstwo, a drużyna opierała grę na silnym ataku. W kwalifikacjach Ligi Mistrzów Koper pokonał Dinamo Zagrzeb 3:0 w rewanżu, lecz odpadł po porażce 1:5 w pierwszym meczu.
W 2015 roku trzeci krajowy puchar wywalczył na Bonifice, pokonując Celje 2:0 po golach Denisa Halilovicia i Jaki Štromajera. Po sezonie 2016/2017 nie otrzymał licencji na grę w pierwszej lidze i trafił do najniższej ligi Primorskiej. Do najwyższej klasy rozgrywkowej wrócił w sezonie 2020/2021. W 2022 roku sięgnął po czwarty puchar, wygrywając finał z Bravo 3:1 dzięki dwóm bramkom Lamina Colleya i jednej Andreja Kotnika.
Lokalnym rywalem Koper jest Izola; spotkania obu zespołów są derbami słoweńskiego wybrzeża.
