Kapitan Inverness i Aberdeen w ich zwycięskich finałach Pucharu Szkocji w 2015 i 2025 roku.
Urodził się 4 sierpnia 1991 roku w Aberdeen w Szkocji.
Seniorską karierę rozpoczął w Inverness Caledonian Thistle, do którego dołączył w 2009 roku. Grał tam przede wszystkim na lewej obronie. W 2015 roku jako kapitan poprowadził zespół do zwycięstwa 2:1 nad Falkirk w finale Pucharu Szkocji na Hampden Park.
Latem 2015 roku przeszedł do Aberdeen, gdzie regularnie występował w środku pola. Przed finałem krajowego pucharu w maju 2017 roku został kapitanem drużyny. W 2019 roku wyjechał do Derby County, a w styczniu 2022 roku przeniósł się do Wigan Athletic. Na początku 2023 roku wrócił do Aberdeen na wypożyczenie, które latem zamieniono w transfer definitywny.
W finale Pucharu Szkocji w 2025 roku Aberdeen pokonało Celtic po rzutach karnych, a Shinnie wykorzystał pierwszą jedenastkę swojej drużyny. Po meczu podkreślał znaczenie zmiany ustawienia na 5–3–2, którą przeprowadził Jimmy Thelin, aby ograniczyć swobodę Celticu. Wygrana była dla niego szczególnie ważna po wcześniejszych przegranych finałach w barwach Aberdeen.
W 2026 roku odszedł z Aberdeen, ponieważ zależało mu na regularnej grze, której trener Stephen Robinson nie mógł mu zagwarantować. Wrócił do Inverness, w którym występował w sezonie 2026/2027.