Historyczny, debiutancki dla graczy z Bielska-Białej sezon w Ekstraklasie już za pasem! Po praktycznie bezproblemowym awansie do najwyższej klasy rozgrywek oraz świetnej postawie w Pucharze Polski czas podnieść poprzeczkę. Popularni „Górale”, w nadchodzącym wielkimi krokami sezonie, wystąpią z łatką beniaminka u boku ŁKS-u Łódź.
Po transformacji w 1997 roku, a więc dokładnie po 90 latach funkcjonowania klub ma się coraz lepiej, powoli zapominając o kłopotach finansowych. Na wyrazy uznania zasługuje bardzo dynamiczny awans sportowo-organizacyjny, Podbeskidzie w ciągu pięciu sezonów zdołało bowiem zamienić klasę okręgową na II ligę. Na rok przed awansem do wspomnianej II ligi barw ówczesnego Bogmaru Ceramed Bielska-Białej bronili między innymi Sebastian Olszar, Marcin Radzewicz, Tomasz Moskała oraz Adrian Sikora. Wydawało się, że sukcesy Podbeskidzia będą kontynuowane, a zespół zdoła awansować, witając wreszcie szczebel Ekstraklasy, jednak rzeczywistość zrewidowała te zamiary. Po sezonie zwieńczonym awansem do II ligi klub przybrał także nazwę zbliżoną do obecnej, a więc MC Podbeskidzie Bielsko-Biała.
Na przestrzeni lat spędzonych w II lidze można zauważyć, że „Górale” mieli swoje wzloty i upadki. Do tych pierwszych można zaliczyć bowiem siódme miejsce w sezonie 2003/2004, a także wysoką, piątą lokatę w następnym roku. Co ciekawe, Podbeskidzie skompletowało wówczas tyle samo punktów co Widzew, jednak dzięki lepszej różnicy bramek to łódzki klub wystąpił w barażach o Ekstraklasę. Do upadków z kolei należy zapisać dwa kolejne lata, w których drużyna z Bielska-Białej zażarcie walczyła o utrzymanie. Sytuacja została obrócona o 180 stopni, kiedy PZPN zmienił nazwę zaplecza Ekstraklasy z II ligi na I ligę.
Już pierwszy sezon gry w nowo nazwanych rozgrywkach „Górale” zakończyli na miejscu czwartym, tracąc dwa punkty do miejsca premiowanego awansem. Rok później tak dobrze nie było, Podbeskidzie wylądowało bowiem na drugim biegunie tabeli, notując ledwie 12. miejsce. Ostatni sezon, który odbił się w Polsce szerszym echem z uwagi na dobrą dyspozycję prezentowaną w meczach Pucharu Polski, miał także historyczne znaczenie pod względem awansu do Ektraklasy.
Każdy kibic polskiej piłki kopanej pamięta doskonale zwycięskie boje Podbeskidzia z Piastem Gliwice, PGE GKS-em Bełchatów, czy wreszcie dwumecze z Wisłą oraz Lechem. Krakowski zespół padł zresztą ofiarą syndromu czarnego konia, „Górale” pozbawili bowiem złudzeń rywali, wygrywając w stolicy Małopolski 1:0, a także utrzymując remis 2:2 w Bielsku-Białej, dzięki czemu zapewnili sobie awans do fazy półfinałowej Pucharu Polski. Tam ponownie graczy Kasperczyka czekał doświadczony rywal, a więc poznański „Kolejorz”. Podbeskidzie ponownie sprawiło wyjazdową niespodziankę, remisując z Lechem 1:1. Niestety, tym razem rewanż na własnym obiekcie nie poszedł tak dobrze jak oczekiwano i porażka 2:3 zakończyła przygodę zawodników I ligi z Pucharem Polski.
