Klub z północnego Belfastu, który do seniorskiej Irish League trafił dopiero w 1949 roku, ponad pół wieku po założeniu.
Crusaders grają na Seaview w północnym Belfaście. Stadion oficjalnie otwarto 3 września 1921 roku, przed meczem Intermediate League z Cliftonville Olympic, wygranym przez gospodarzy 3:1. W lipcu 1966 roku pożar zniszczył budynek klubowy i szatnie; nowe zaplecze oddano w 1970 roku. W 2009 roku Crusaders jako pierwsi w lidze położyli na Seaview sztuczną murawę.
Tradycyjne barwy klubu to czerwień i czerń. Nazwę Crusaders, czyli „krzyżowcy”, zaproponował jeden z założycieli, Thomas Palmer, na pamiątkę średniowiecznych rycerzy. Drużynę nazywa się „Crues” albo „Hatchetmen”.
Klub powstał w 1898 roku; dokładna data nie jest znana. Pierwsze zebranie odbyło się prawdopodobnie w domu Palmera przy North Queen Street, a pierwszy mecz o punkty, po którym zachował się zapis, Crusaders rozegrali 10 grudnia 1898 roku. Do 1921 roku grali w rozgrywkach juniorskich, potem w Intermediate League. Prośby o przyjęcie do seniorskiej Irish League kilka razy odrzucano. Miejsce zwolniło się dopiero w 1949 roku, gdy z ligi wycofał się Belfast Celtic, i od sezonu 1949/1950 Crusaders grają wśród seniorów.
W 1967 i 1968 roku drużyna wygrała Irish Cup, w finałach pokonując Glentoran 3:1 i Linfield 2:0. Pierwsze mistrzostwo przyniósł sezon 1972/1973 pod wodzą Billy'ego Johnstona. W Pucharze Europy Crusaders przegrali potem 3 października 1973 roku w Bukareszcie z Dinamem 0:11. Po drugim tytule, z 1976 roku, trafili na Liverpool: na Anfield przegrali 0:2, a 28 września 1976 roku na Seaview 0:5.
Kolejne mistrzostwa, w 1995 i 1997 roku, zdobyła drużyna grającego trenera Roya Walkera. Pod koniec lat 90. klub popadł w kłopoty finansowe. W 2005 roku spadł po przegranym barażu z Glenavon, co zakończyło serię 56 sezonów w seniorskiej piłce.
W lutym 2005 roku drużynę przejął były napastnik klubu Stephen Baxter. Już w następnym sezonie Crusaders wygrali Intermediate League i wrócili do elity. 9 maja 2009 roku zdobyli pierwszy od 1968 roku Irish Cup, pokonując na Windsor Park Cliftonville 1:0 po golu Marka Dicksona. Pod wodzą Baxtera klub zdobył mistrzostwo w 2015, 2016 i 2018 roku; tytuł z 2018 roku zapewnił sobie 28 kwietnia 2018 roku wygraną 2:1 na wyjeździe z Ballymena United, dwa punkty przed Coleraine. W 2022 roku Crusaders wygrali finał pucharu z Ballymena United 2:1 po golu Jonny'ego McMurraya w końcówce dogrywki, a rok później pokonali ten sam zespół 4:0. Baxter odszedł po sezonie 2023/2024, po 19 latach pracy. Był wtedy najdłużej pracującym trenerem jednego klubu na świecie.
W sezonie 2025/2026 drużyna zajęła jedenaste miejsce. Miejsce w Premiership obroniła 1 maja 2026 roku w barażu z Annagh United, wygranym w rzutach karnych.
Najbliższym rywalem jest Cliftonville, z którym Crusaders rozgrywają derby północnego Belfastu. W maju 2021 roku oba kluby zagrały ze sobą po raz trzechsetny. Klub rywalizuje też z innymi drużynami z Belfastu, Linfield i Glentoranem.
