Klub z Querétaro założony w 1950 roku, który w 2016 roku na Estadio Corregidora zdobył Puchar Meksyku, swoje pierwsze trofeum.
Querétaro gra na Estadio Corregidora u podnóża wzgórza Cimatario. Stadion zaprojektował Luis Alfonso Fernández Siurob, a otwarto go 5 lutego 1985 roku meczem Meksyku z Polską, wygranym przez gospodarzy 5:0; pierwszego gola strzelił Tomás Boy. Obiekt zbudowano z myślą o mistrzostwach świata 1986. Odbyły się na nim cztery mecze turnieju, w tym mecz drugiej rundy, w którym Hiszpania pokonała Danię 5:1, a cztery gole strzelił Emilio Butragueño. W 2011 roku stadion gościł też mecze mistrzostw świata U-17.
Pierwsza drużyna grała w całych białych strojach z niebieską literą Q na piersi. Przydomek Gallos Blancos, czyli „Białe Koguty”, wziął się z pierwszych lat klubu: przed jednym z meczów na Estadio Municipal każdy z piłkarzy dostał białego koguta. W herbie widnieją łuki miejskiego akweduktu.
Klub Querétaro A.C. założono 8 lipca 1950 roku, gdy w Meksyku tworzono zawodową drugą ligę. Stan Querétaro reprezentował w niej miejscowy mistrz, drużyna Piratas, wzmocniona piłkarzami z innych zespołów. Wielu z nich na co dzień pracowało w fabrykach. Najskuteczniejszym zawodnikiem w historii klubu był Silvano Téllez, który w latach 1967–1977 strzelił dla Querétaro 300 goli w drugiej lidze.
Przez kolejne dekady zespół grał głównie na zapleczu najwyższej ligi, a jego historia przeplatała się ze zmianami właścicieli i licencji. W 2013 roku drużyna spadła z Primera División, ale utrzymała się w niej, bo właściciel kupił licencję Jaguares de Chiapas.
We wrześniu 2014 roku do klubu przyszedł Ronaldinho, dwukrotny najlepszy piłkarz świata według FIFA, który podpisał dwuletni kontrakt. W Clausurze 2015 drużyna Víctora Manuela Vuceticha po raz pierwszy zagrała w finale ligi. W pierwszym meczu przegrała z Santosem Laguna 0:5, a 31 maja 2015 roku na Corregidorze wygrała 3:0, co nie wystarczyło do odrobienia strat.
2 listopada 2016 roku Querétaro zdobył pierwsze trofeum w historii. W finale Pucharu Meksyku Apertura 2016 zremisował u siebie z Guadalajarą 0:0, a w serii rzutów karnych, wygranej 3:2, bramkarz Tiago Volpi obronił dwa strzały i sam wykorzystał jedenastkę. 16 lipca 2017 roku w Carson w Kalifornii drużyna Jaimego Lozano pokonała Club América 2:0 i zdobyła Superpuchar Meksyku.
5 marca 2022 roku mecz Querétaro z Atlasem na Corregidorze przerwano po bójce kibiców, w której rannych zostało 26 osób. Liga MX i meksykańska federacja odsunęły od futbolu kierownictwo klubu, nakazały sprzedaż klubu, ukarały go grzywną 1,5 mln peso i zamknęły stadion dla publiczności na rok. Komisja dyscyplinarna uznała w lutym 2023 roku, że kara została wykonana, i od marca klub mógł znów grać u siebie przy publiczności.
