Łotewski klub z Dyneburga, powstały w 2009 roku jako BFC Daugava i zbudowany wokół szkolenia miejscowych piłkarzy.
Domowym stadionem BFC Daugavpils jest Esplanāde w Dyneburgu, przy Stadiona iela 1. Obiekt ze sztuczną nawierzchnią otwarto w 2005 roku, a administruje nim Daugavpils Olympic Centre. W 2013 roku zespół rozgrywał swoje mecze domowe na miejskim stadionie Celtnieks.
Klub założono 11 grudnia 2009 roku pod nazwą BFC Daugava. Jego działacze od początku stawiali na drogę od dziecięcych grup treningowych do pierwszej drużyny, której trzon tworzyli wychowankowie miejskiej szkoły sportowej. Kirils Kurbatovs opracował projekt klubu, zasady jego działania i metodykę treningową. W 2015 roku przedstawiał trenerom z innych ośrodków system indywidualnego przygotowania zawodników akademii. Jednym z jej wychowanków jest Vladislavs Fjodorovs, który większość kariery spędził w BFC, a w 2018 roku zadebiutował w seniorskiej reprezentacji Łotwy.
W 2013 roku BFC Daugava wygrał 1. līgę, czyli rozgrywki poniżej Virslīgi, i w kolejnym sezonie zagrał w najwyższej klasie jako BFC Daugavpils. Zmiana nazwy miała ograniczyć mylenie go z FC Daugava; przedstawiciele BFC podkreślali, że były to odrębne organizacje. Przed sezonem 2014 powstał też pomysł klubowego hymnu, którego stworzenie powierzono łatgalskiemu zespołowi Dabasu Durovys.
Po występach w Virslīdze w latach 2014–2016 klub wrócił na jej zaplecze. W 2018 roku połączył zasoby pierwszej drużyny z FK Progress, tworząc zespół BFC Daugavpils/Progress, podczas gdy akademia zachowała nazwę BFC Daugavpils. Aleksandrs Isakovs tłumaczył, że współpraca miała pomóc w finansowaniu konkurencyjnej drużyny i powrocie do elity, gdy bogatsze kluby przejmowały najlepszych zawodników szkoły. 3 listopada 2018 roku wspólna drużyna zapewniła sobie mistrzostwo 1. līgi po zwycięstwie 4:0 nad Super Novą i wywalczyła powrót do Virslīgi na 2019 rok.
W 2025 roku BFC Daugavpils zajął czwarte miejsce w Virslīdze, poprawiając swój dotychczasowy najlepszy wynik. W 2026 roku dotarł do półfinału Pucharu Łotwy, w którym po remisie 2:2 odpadł z Audą w serii rzutów karnych.