Żółto-niebieski klub z Elbasanu założony w 2021 roku przez władze miasta, który w trzy lata przeszedł z Kategoria e Tretë do najwyższej ligi.
AF Elbasani gra na Elbasan Arena. Na tym stadionie w kwietniu 2024 roku zapewnił sobie awans do Kategoria Superiore.
Barwy klubu to żółty i niebieski, a jego piłkarzy nazywa się „verdheblutë”, czyli „żółto-niebiescy”.
Akademia e Futbollit Elbasani powstała jako nowy klub, odrębny od historycznego KF Elbasani. Rada miejska Elbasanu zatwierdziła jego utworzenie 21 czerwca 2021 roku. Dawny klub miasta spadł wtedy do Kategoria e Dytë, miał duże długi, a spór o jego udziały toczył się w sądzie. Na początku jedynym udziałowcem nowego klubu była gmina Elbasan, a drużyna zaczynała od Kategoria e Tretë.
AF Elbasani wygrywał kolejne ligi rok po roku: Kategoria e Tretë, Kategoria e Dytë i Kategoria e Parë. Awans do Kategoria Superiore zapewnił sobie w kwietniu 2024 roku, cztery kolejki przed końcem sezonu, wygraną 1:0 z Apolonią po golu Ardita Hoxhaja w 84. minucie. Trenerem drużyny był Nevil Dede. Mistrzostwo Kategoria e Parë klub przypieczętował zwycięstwem 3:2 z Bylisem w ostatniej kolejce, kończąc sezon z 79 punktami.
W sezonie 2025/2026 AF Elbasani walczył o mistrzostwo Albanii. Po sezonie zasadniczym zagrał w turnieju finałowym czterech najlepszych drużyn i zakończył go z 37 punktami, tyle samo co Egnatia. Tytuł zdobyła Egnatia dzięki lepszemu bilansowi bezpośrednich meczów. W ostatniej kolejce, 31 maja 2026 roku, AF Elbasani wygrał z Vllaznią na stadionie Air Albania 2:1 po golach Xhonatana Lajthii i Abbasa Ibrahima.
Drugie miejsce dało klubowi start w eliminacjach Ligi Konferencji. W pierwszej rundzie AF Elbasani zremisował u siebie z BATE Borysów 1:1, a 16 lipca 2026 roku w rewanżu w Sumgaicie w Azerbejdżanie zremisował 0:0 i odpadł po serii rzutów karnych, przegranej 4:5.
