Normandzki klub z długą przeszłością w ekstraklasie, który w 2024 roku jako trzecioligowiec doszedł do ćwierćfinału Pucharu Francji.
FC Rouen gra na stadionie Roberta Diochona w Le Petit-Quevilly, nazywanym przez kibiców „Chaudron Rouge”, czyli „Czerwony Kocioł”. Obiekt otwarto 7 czerwca 1914 roku jako stade des Bruyères, na terenie wcześniej używanym przez rugbystów. Imię Roberta Diochona, wieloletniego prezesa klubu, nosi od września 1953 roku, po jego śmierci. Nową trybunę zbudowano w latach 1963–1964 i otwarto 10 czerwca 1964 roku meczem towarzyskim z Realem Madryt.
Klub gra w czerwono-białych barwach, a jego piłkarzy nazywa się „Diables Rouges”, czyli „Czerwonymi Diabłami”.
Klub założono w lipcu 1899 roku jako Football Club Rouennais. Wśród założycieli byli Willing, kupiec, który kilka lat wcześniej przywiózł futbol do Rouen z Anglii, oraz bracia Diochon. W 1913 roku drużyna zagrała w finale mistrzostw federacji USFSA i przegrała po dogrywce ze Stade Helvétique Marsylia. W 1925 roku doszła do finału Pucharu Francji, w którym po dwóch meczach uległa paryskiemu Sport Généraux.
Rouen odrzucił zaproszenie do pierwszego sezonu zawodowej ligi i dołączył do drugiej ligi w sezonie 1933/34. W 1936 roku awansował do ekstraklasy, a w debiutanckim sezonie Jean Nicolas strzelił 27 goli i drużyna zajęła czwarte miejsce. W 1945 roku klub wygrał mistrzostwa Francji rozgrywane w warunkach wojennych.
W latach 60. Rouen wrócił do ekstraklasy na dłużej. Po sezonie 1962/63 zagrał w Pucharze Rappana, poprzedniku Pucharu Intertoto, w którym wyeliminował Bayern Monachium i doszedł do półfinału ze Slovanem Bratysława. Później w Pucharze Miast Targowych odpadł w 1/8 finału z Arsenalem, który rozstrzygnął dwumecz w ostatnich minutach rewanżu na Highbury.
W czerwcu 1970 roku kłopoty finansowe kosztowały klub spadek do drugiej ligi. Pod wodzą trenera Roberta Vicota Rouen wrócił do elity w 1982 roku i spadł z niej po sezonie 1984/85, przegrywając baraż ze Stade Rennes w rzutach karnych. W 1995 roku, po spadku do trzeciej ligi, klub ogłosił upadłość.
W 2013 roku klub upadł po raz kolejny. Krajowa komisja kontroli finansów DNCG wykluczyła FC Rouen z rozgrywek ogólnokrajowych, a francuski Komitet Olimpijski podtrzymał tę decyzję. Spółka prowadząca drużynę, SASP, złożyła wniosek o upadłość, a klub zaczął sezon 2013/14 w regionalnej Division d'Honneur. W 2017 roku awansował do National 3, w 2019 roku do National 2, a w 2023 roku wrócił do National, trzeciej ligi.
W sezonie 2023/24 drużyna Maxime'a D'Ornano wyeliminowała z Pucharu Francji dwa zespoły Ligue 1. Toulouse FC, obrońcę trofeum, pokonała na Diochon w rzutach karnych 12:11 po remisie 3:3, a AS Monaco także w rzutach karnych. W ćwierćfinale 28 lutego 2024 roku przegrała z Valenciennes, znowu po serii jedenastek.
Głównym rywalem jest Le Havre. Rywalizacja o pierwszeństwo w Normandii trwa od początków klubu, a mecze obu drużyn nazywa się derbami Normandii.
