Klub z Münsteru założony w 1906 roku, wicemistrz Niemiec z 1951 roku i jeden z założycieli Bundesligi w 1963 roku.
Od 13 czerwca 1926 roku Preußen gra na stadionie przy Hammer Straße, dziś noszącym nazwę LVM-Preußenstadion. Przy otwarciu był jednym z najnowocześniejszych stadionów w Niemczech, z 12 tysiącami miejsc stojących i 1200 siedzących. W 1930 roku, w czasie kryzysu gospodarczego, klub nie był w stanie spłacać zobowiązań i przekazał stadion miastu. W 1963 roku odbył się tu pierwszy mecz w historii Bundesligi, z Hamburger SV.
Barwy klubu, czarno-biało-zielone, mają patriotyczne pochodzenie: czerń i biel to barwy Prus, a zieleń pochodzi z westfalskiej trójbarwnej flagi. Piłkarzy nazywa się „Adlerträger”, czyli „noszący orła”.
FC Preußen Münster założyli 30 kwietnia 1906 roku uczniowie dzisiejszego gimnazjum im. Johanna Conrada Schlauna. Pierwszy mecz drużyna rozegrała na placu ćwiczeń wojskowych na Loddenheide i pokonała 5:0 poprzednika VfL Osnabrück. W 1914 roku Preußen został mistrzem Westfalii przed Arminią Bielefeld.
Największy sukces klub odniósł w 1951 roku. Po drugim miejscu w Oberlidze West awansował do turnieju finałowego mistrzostw Niemiec, a 30 czerwca 1951 roku w finale na Stadionie Olimpijskim w Berlinie, przy niemal 100 tysiącach widzów, przegrał 1:2 z 1. FC Kaiserslautern. Prowadzenie dał Preußen Fiffi Gerritzen, ale dwa gole Ottmara Waltera, przy których asystował Fritz Walter, odwróciły wynik. Kibice do dziś śpiewają o tym finale.
Preußen był jednym z szesnastu założycieli Bundesligi w 1963 roku, ale spadł z niej po jednym sezonie. Później grał w drugiej lidze, a w 1981 roku spadł do trzeciej. W 2006 roku, w stulecie istnienia, pierwszy raz spadł do czwartej ligi, a do zawodowej piłki wrócił 6 maja 2011 roku, wygrywając 3:0 z rezerwami Borussii Mönchengladbach przy 18 500 widzach. W 2020 roku znów spadł do czwartej ligi, ale w 2023 roku awansował do 3. Ligi, a rok później, jako beniaminek, do 2. Bundesligi, wracając do niej po 35 latach od poprzedniego awansu. Po dwóch sezonach, w maju 2026 roku, spadł z powrotem do 3. Ligi.
