Kontynuuje tradycje słubickiej Kotwicy z 1945 roku i gra na stadionie otwartym jeszcze przed powstaniem polskich Słubic.
Domem Polonii jest stadion SOSiR przy ulicy Sportowej. Obiekt ukończono w 1927 roku jako Ostmarkstadion, na terenie ówczesnego Frankfurtu nad Odrą. Po wojnie znalazł się w Polsce, a w 2003 roku przeszedł modernizację. Piłkarskie boisko otacza bieżnia lekkoatletyczna.
Piłkarskie tradycje klubu sięgają Kotwicy, powołanej w Słubicach w 1945 roku. Nazwę Polonia przyjęto w 1993 roku, w miejsce MLKS. W sezonie 1995/96 zespół wywalczył pierwszy awans do ówczesnej III ligi, czyli na trzeci poziom rozgrywek. Dwa lata później zajął w niej czwarte miejsce.
Po spadku drużyna wróciła do III ligi w 2003 roku. Awans przypieczętowała wygrana 1:0 z Unią Żary po golu Krzysztofa Kaczmarczyka. W sezonie 2010/11 zespół wycofano z rozgrywek, a późniejsza odbudowa obejmowała grę w klasie okręgowej i awans do IV ligi w 2018 roku.
W czerwcu 2024 roku Polonia wygrała lubuską IV ligę pod wodzą Andrzeja Wypycha. Decydujące zwycięstwo 1:0 z rezerwami Lechii Zielona Góra dała bramka Daniela Stadie. Był to awans na czwarty poziom rozgrywek.
