– Chciałbym być wielkim piłkarzem wielkiego klubu i żeby tym wielkim klubem był właśnie Raków – mówił na łamach „Dziennika Częstochowskiego” w maju 1993 roku. Trzy lata później był już w Legii Warszawa, w której spędził najlepsze chwile swojej kariery. W młodzieżowych reprezentacjach Polski rozegrał 99 spotkań. Do okrągłej setki zabrakło mu jednego spotkania. Jacek Magiera w seniorskiej kadrze jednak nie zadebiutował…
1 stycznia 1977 roku w Częstochowie przyszedł na świat „Magic”. Sroga zima, ale na twarzach rodziców zadowolenie. Piłkę zaczął kopać oczywiście w Rakowie, w czasach największej świetności klubu. Do sekcji piłkarskiej zapisał się w 1988 roku, oczywiście z kolegami z klasy. Oficjalny debiut w ekstraklasie zaliczył 18 marca 1995 roku, rzecz jasna w barwach Rakowa, którego przeciwnikiem była mielecka Stal. Już od pierwszych jego chwil na boiskach ekstraklasy było wiadomo, że za długo w drużynie „Medalikarzy” nie pogra. Zwyczajnie był zbyt dobry. Występował w linii pomocy, a jak trzeba było, to również w defensywie. W odbiorze swojego czasu nie było od niego lepszych. Z Częstochowy wyjechał jesienią 1996 roku, od razu do wielkiego miasta, do Warszawy. W barwach Rakowa zdążył zagrać w 38 spotkaniach ligowych, ośmiokrotnie pokonując bramkarzy rywali.
Legia okazała się dla Jacka bardzo dobrym wyborem. Do Legii przyszedł w tym samym okienku transferowym co Piotr Włodarczyk, Paweł Skrzypek czy Sylwester Czereszewski. Miał wówczas 20 lat i głowę pełną marzeń. – Na pewno obawy były i są. W końcu opuściłem miasto, w którym się wychowałem. Opuściłem także klub, w którym grałem wiele lat, i znalazłem się w nowym środowisku. Jednak musiałem podnieść sobie poprzeczkę i z danej mi szansy skorzystać – mówił tuż po podpisaniu pięcioletniej umowy z Legią Magiera. Na tyle zadomowił się w drużynie „Wojskowych”, że został tam na niespełna dekadę, z półroczną przerwą na wypożyczenie do Widzewa Łódź. W Warszawie grał do 2005 roku. Już w pierwszym sezonie odniósł duży sukces. Wraz z Legią zdobył Puchar Polski w 1997 roku, a kilka tygodni później świętował wraz z kolegami z drużyny wicemistrzostwo Polski. Rok później był już filarem obrony drużyny prowadzonej przez Stefana Białasa, która zdobyła Superpuchar Polski. Białas bardzo cenił „Magica”, czego nie można powiedzieć o Franciszku Smudzie, który jako następca pana Stefana na posadzie trenera Legii na Jacka już nie stawiał. Naszego bohatera wypożyczono zatem do Łodzi. W tamtejszym Widzewie wiosną 2000 roku rozegrał 14 spotkań.
Latem znów spróbował szczęścia przy Łazienkowskiej. Tam jednak ciągle pracował Smuda, który nie zwracał uwagi na dobrą dyspozycję Magiery i nie desygnował go do gry, czasami dając mu pograć w końcówkach spotkań. Taki stan rzeczy utrzymywał się do momentu, w którym „Franza” zastąpił Dragomir Okuka. Wówczas obrońca szybko wrócił do podstawowego składu i wydatnie pomógł swoim kolegom w zdobyciu mistrzostwa kraju w sezonie 2001/2002. Na dokładkę Legia dorzuciła w tamtym sezonie jeszcze nieistniejący już Puchar Ligi. Przez kilka kolejnych lat Jacek był filarem defensywy „Wojskowych”. Jego czas w Legii minął w sezonie 2005/2006, po rozegraniu kilku spotkań jesienią na wiosnę został wypożyczony do rodzimego Rakowa, który wówczas grał w III lidze. W Warszawie nastała era Dariusza Wdowczyka, który ze stołecznym klubem zdobył mistrzostwo Polski. Medal przyznano również Magierze, który w zespole występował jesienią. Po zakończeniu wypożyczenia do Częstochowy rozwiązał kontrakt z Legią. W drużynie z „eLką” na piersi rozegrał łącznie 232 mecze i strzelił 19 bramek, grając w lidze, europejskich pucharach, Pucharze Polski, Pucharze Ligi czy Superpucharze Polski. Po przygodzie z Legią postanowił swoich sił spróbować w Cracovii, którą wówczas prowadził dobrze znany mu Białas. Przygoda z „Pasami” zakończyła się dość szybko i po rozegraniu kilku spotkań jesienią 2006 roku Magiera zawiesił buty na kołku.
