Klub z Bogoty, w którym w czasach ligi „El Dorado” grali Alfredo Di Stéfano i Adolfo Pedernera, nazywany wtedy „Ballet Azul”.
Millonarios rozgrywa mecze domowe na stadionie Nemesio Camacho El Campín w Bogocie, publicznym obiekcie miasta. Stadion otwarto w sierpniu 1938 roku na pierwsze Igrzyska Boliwariańskie, w 400. rocznicę założenia Bogoty. Nazwa upamiętnia Nemesio Camacho, ojca właściciela terenu, na którym go zbudowano. W latach 1965–1969 obiekt przebudowano. Na El Campín działa muzeum klubu.
Jako Deportivo Municipal drużyna grała w białych koszulkach i czarnych spodenkach. Od pierwszej połowy lat 40. barwami klubu są niebieski i biały; według klubowej legendy niebieski wziął się ze zdjęcia piłkarza argentyńskiego Tigre w magazynie „El Gráfico”. Nazwę „Millonarios”, czyli „milionerzy”, prasa nadała drużynie z powodu kosztownych transferów zagranicznych piłkarzy, głównie Argentyńczyków. Zespół nazywa się też „Embajador”, czyli „Ambasador”.
Początki klubu sięgają 1937 roku, gdy uczniowie bogotańskich szkół San Bartolomé i Instituto de La Salle założyli drużynę Unión Juventud, zwaną też Unión Bogotá. Później zespół grał jako Deportivo Municipal. Klub Deportivo Los Millonarios formalnie założono aktem notarialnym 18 czerwca 1946 roku. Podpisał go Alfonso Senior Quevedo, który razem z Ekwadorczykiem Mauro Mórtolą doprowadził do założenia klubu. Pierwszy mecz drużyna rozegrała 15 sierpnia 1948 roku i wygrała 6:0 z Once Deportivo z Manizales.
W 1949 roku liga Dimayor, odłączona wtedy od krajowej federacji, zaczęła sprowadzać gwiazdy z Argentyny, gdzie trwał strajk piłkarzy. 30 maja Millonarios ogłosił transfer Adolfo Pedernery z River Plate, a w sierpniu Alfredo Di Stéfano i Néstora Rossiego. Jeszcze w tym samym roku zdobył pierwsze mistrzostwo Kolumbii po dwóch meczach barażowych z Deportivo Cali. Zespół, nazywany „Ballet Azul”, wygrał ligę także w 1951, 1952 i 1953 roku. W 1951 roku Di Stéfano z 32 golami był królem strzelców. W marcu 1952 roku Millonarios pokonał 4:2 Real Madryt w turnieju z okazji 50-lecia hiszpańskiego klubu.
Odpływ piłkarzy wywołał skargi do FIFA, która w październiku 1951 roku wykluczyła Kolumbię. Na mocy paktu z Limy zagraniczni zawodnicy mieli stopniowo opuścić ligę do października 1954 roku. Koniec epoki przyspieszył transfer Di Stéfano do Realu Madryt w 1953 roku.
Pod wodzą Gabriela Ochoi Uribe, byłego bramkarza i lekarza, Millonarios wrócił na szczyt w 1959 roku, a w latach 1961–1964 wygrał ligę cztery razy z rzędu. W 1960 roku w pierwszej edycji Copa Libertadores doszedł do półfinału, w którym odpadł z Olimpią Asunción po remisie 0:0 w Bogocie i porażce 1:5 w Asunción. Kolejne mistrzostwa przyszły w 1972 i 1978 roku, a potem w 1987 i 1988 roku.
Pod koniec lat 80. udziałowcem klubu był baron narkotykowy Gonzalo Rodríguez Gacha. We wrześniu 2012 roku władze Millonarios publicznie rozważały zrzeczenie się tytułów z 1987 i 1988 roku. Pomysł skrytykowali trener i piłkarze tamtej drużyny oraz kibice. W październiku zarząd jednogłośnie postanowił tytułów nie oddawać i zobowiązał się, że do klubu nie trafią pieniądze z nielegalnych źródeł.
Na kolejne mistrzostwo klub czekał 24 lata. 16 grudnia 2012 roku na El Campín drużyna Hernána Torresa zremisowała w finale z Independiente Medellín 1:1 i wygrała rzuty karne 5:4. W grudniu 2017 roku zespół Miguela Ángela Russo pokonał w finale lokalnego rywala, Santa Fe. W rewanżu, 17 grudnia, przy stanie 2:1 dla Santa Fe, które dawało rzuty karne, Henry Rojas wyrównał na 2:2 i dał Millonarios tytuł. 24 czerwca 2023 roku drużyna Alberto Gamero wygrała finał z Atlético Nacional w rzutach karnych.
Największym rywalem jest Independiente Santa Fe z tej samej Bogoty. Oba kluby grają na El Campín, a w grudniu 2017 roku spotkały się w finale mistrzostw Kolumbii.
Millonarios gra u siebie na stadionie Estadio Nemesio Camacho El Campín. Stadion mieści 39 512 widzów.
