Klub z Kowna, który wyrósł z zespołu dla absolwentów szkoły futbolu Tauras i w 2025 roku zdobył pierwsze mistrzostwo Litwy.
W 2022 roku Kauno Žalgiris wrócił na przebudowany stadion Dariusa i Girėnasa w Kownie. Obiekt ponownie otwarto w październiku 2022 roku, a jego pojemność po przebudowie wynosiła około 15 tysięcy miejsc. W kwietniu 2024 roku był domowym stadionem Kauno Žalgirisu.
W pierwszym sezonie w A Lydze, w 2015 roku, zespół grał w zielono-białych koszulkach Kauno Žalgirisu, choć występował jeszcze pod nazwą Spyris.
Pomysł utworzenia Spyrisu powstał w 2004 roku w szkole futbolu Tauras. Trenerzy chcieli dać jej absolwentom możliwość kontynuowania zawodowej kariery. Od 2005 roku drużyna grała w południowej grupie II lygi, a w 2013 roku zadebiutowała w I lydze. W 2015 roku weszła do najwyższej ligi i stała się częścią organizacji Žalgiris. Nazwę FK Kauno Žalgiris otrzymała w styczniu 2016 roku.
Debiut w A Lydze 1 marca 2015 roku zakończył się zwycięstwem 2:1 nad Klaipėdos Granitas na stadionie centrum treningowego LFF w Kownie. Spyris odrobił stratę po golu Benasa Olencevičiusa, a zwycięską bramkę w 79. minucie zdobył Andrius Velička. Bramkarz Deividas Mikelionis wspominał później tremę młodego, niedoświadczonego zespołu przed rywalizacją w najwyższej lidze. Początek w elicie nie przyniósł jednak szybkiej stabilizacji: w 2016 i 2017 roku klub zajmował ostatnie miejsce, lecz pozostał w najwyższej lidze.
Pierwszy ligowy medal, brąz, zdobył w 2020 roku, a dwa lata później sięgnął po wicemistrzostwo. Na początku 2025 roku prezydent klubu Mantas Kalnietis wyznaczył drużynie cel zdobycia mistrzowskiego trofeum. Pierwszy tytuł zapewniła wygrana 3:1 z FA Šiauliai przed własną publicznością. Dla Kowna było to pierwsze mistrzostwo od triumfu FBK Kaunas w 2007 roku.
Spotkania z FK Žalgiris z Wilna są określane jako „derby Žalgirisów”. W 2015 roku wileński Žalgiris sprzeciwiał się przyjęciu tej nazwy przez Spyris.
