Klub z rejonu Kowna, utworzony z inicjatywy firmy transportowej, który w 2024 roku został wicemistrzem Litwy.
FC Hegelmann powstał w 2009 roku z inicjatywy firmy logistycznej Hegelmann Transporte, która chciała zachęcać pracowników do aktywności fizycznej. W latach 2009–2016 grał w KAFF III lydze, czyli na czwartym szczeblu litewskiego futbolu. W 2016 roku rozpoczął roczną współpracę z występującym w najwyższej lidze Kauno Žalgiris.
W 2018 roku nawiązał współpracę z FRK Feniksas i uzupełnił skład młodymi piłkarzami tego klubu. W tym samym roku wygrał południową strefę LFF II lygi i wywalczył awans do drugiego szczebla rozgrywek, LFF I lygi. W 2020 roku zakończył rozgrywki I lygi na drugim miejscu i awansował do najwyższej ligi. Debiutancki sezon w A lydze, w 2021 roku, zakończył na piątej pozycji.
W 2022 roku po raz pierwszy dotarł do finału Pucharu Litwy. Samuel Odeoyibo wyrównał w doliczonym czasie, ale Hegelmann przegrał po dogrywce 1:2 z Žalgirisem Wilno.
W 2024 roku został wicemistrzem Litwy, zajmując drugie miejsce w A lydze za Žalgirisem. Ponownie wystąpił też w finale krajowego pucharu: po bezbramkowym meczu i dogrywce przegrał z Bangą Gargždai 1:4 w rzutach karnych. W 2025 roku trzeci finał pucharu zakończył porażką 0:1 z FK Panevėžys.
