Jako pierwszy klub z Andory wygrał mecz w europejskich pucharach, a w 2014 roku świętował ósme mistrzostwo kraju.
Na Estadi Comunal w Andorze klub pokonał Maccabi Tel Awiw w lipcu 2007 roku. W sezonie 2010/11 Estadi Comunal figurował jako stadion FC Santa Coloma.
19 lipca 2007 roku FC Santa Coloma wygrał 1:0 z Maccabi Tel Awiw w europejskich pucharach. Jedyną bramkę zdobył obrońca Juli Fernández, a drużynę prowadził Vicenç Marquès.
W tabeli fazy mistrzowskiej ligi andorskiej za sezon 2009/10 FC Santa Coloma był pierwszy, przed UE Santa Coloma. W 2012 roku zdobył ósmy Puchar Andory po zwycięstwie w finale nad FC Lusitans. Cristopher Pousa trafił wtedy w poprzeczkę i został wybrany przez dziennikarzy najlepszym zawodnikiem finału.
W 2014 roku Richard Imbernón, w swoim pierwszym sezonie jako trener, poprowadził klub do ósmego mistrzostwa kraju. Dwa lata później remis 0:0 z FC Lusitans zapewnił FC Santa Coloma trzeci tytuł ligowy z rzędu.
Mecze z UE Santa Coloma nazywano lokalnymi derbami; oba zespoły są odrębnymi klubami. W 2013 roku spotkały się w półfinale Pucharu Andory.
