Klub z Hampshire powstały w 2007 roku po likwidacji Farnborough Town, który dwukrotnie wygrał ligę Southern League i wrócił do National League South.
Farnborough gra przy Cherrywood Road na Saunders Transport Community Stadium. Klub w ostatnich latach przebudowywał trybuny; jedna z nich, John O’Hara Stand, ma miejsca siedzące i sektor rodzinny.
Klubowe barwy to żółty i niebieski, a Farnborough bywa nazywane „The Yellows”.
Obecny Farnborough FC powstał po likwidacji Farnborough Town w lipcu 2007 roku. Rozpoczął od Southern League Division One South & West i już w pierwszym sezonie wygrał tę ligę. Dwa lata później zdobył tytuł w Southern League Premier Division, awansując do Conference South. W następnym sezonie przegrał finał baraży o wejście poziom wyżej z Ebbsfleet United.
Po kolejnych spadkach klub odbudowywał pozycję w niższych ligach. W sezonie 2021/22 długo walczył o bezpośredni awans z Hayes & Yeading United i Taunton Town, ale skończył trzeci. W barażach odrobił stratę z Metropolitan Police, a w finale pokonał Hayes & Yeading 2:1 po późnym golu Sama Deeringa. Wrócił dzięki temu do National League South.
W kolejnym sezonie wyeliminował z Pucharu Anglii czwartoligowy Sutton United i dotarł do meczu z Wrexham.
Farnborough gra u siebie na stadionie Saunders Transport Community Stadium. Stadion mieści 4267 widzów.
