Klub z Kliny w Kosowie, założony w 1958 roku, mistrz Kosowa z 1994 roku i zdobywca Pucharu Kosowa z 2026 roku.
Dukagjini gra na stadionie „18 Qershori” w Klinie.
Najważniejszy sukces klub osiągnął w 1994 roku, w czasie, gdy futbol kosowski od 1990 roku działał niezależnie od struktur serbskich. Serbska policja utrudniała mecze i treningi, więc Dukagjini przeniósł się do wsi Zllakuqan, gdzie rodziny Lleshaj i Përnokaj udostępniły pola pod boiska. Piłkarzy wielokrotnie zatrzymywała policja. Drużyna Rafeta Prekaziego zdobyła mistrzostwo Kosowa, wygrywając w finale z Flamurtarem 1:0. W 1995 roku przegrała z tym samym rywalem finał Pucharu Kosowa 1:2.
W 2019 roku, po 16 latach, Dukagjini wrócił do Superligi. 21 maja 2026 roku na stadionie Fadila Vokrriego w Prisztinie wygrał w czwartym finale Pucharu Kosowa pierwsze trofeum pucharowe, pokonując Ferizaj 2:1. Gola na 1:0 strzelił Altin Mërlaku, a zwycięskiego, w 75. minucie i w dziesiątkę, Hekuran Berisha strzałem zza połowy boiska. Pod koniec meczu trener Ferizaju Arsim Abazi w proteście przeciw decyzjom sędziego na około dziesięć minut wyprowadził drużynę z boiska. Dzięki pucharowi Dukagjini zagrał latem 2026 roku w eliminacjach Ligi Konferencji, w których odpadł ze szwajcarskim FC Lugano.
