Założony w 1916 roku klub ze stolicy Meksyku, trzykrotny mistrz kraju i dwukrotny zdobywca trofeum CONCACAF.
W 2026 roku Atlante wróciło na Estadio Banorte w mieście Meksyk, znany wcześniej jako Estadio Azteca. 24 lipca rozegrało tam mecz Liga MX z Américą. Na Aztece występowało już w latach 1966–1983, 1996–2000 i 2004–2007.
Barwy Atlante to niebieski i bordowy, stąd określenie „azulgrana”.
Klub powstał 18 kwietnia 1916 roku w dzielnicy Roma w mieście Meksyk. Początkowo nosił nazwy Sinaloa i Lusitania, a na początku lat dwudziestych przyjął nazwę Atlante. Pierwsze mistrzostwo w erze zawodowej zdobył w sezonie 1946/47. Na następne czekał do sezonu 1992/93, gdy zespół Ricardo La Volpe pokonał Monterrey 4:0 w dwumeczu finałowym.
Historia Atlante obejmuje kolejne przeprowadzki: po grze w Querétaro i Ciudad Nezahualcóyotl w 2007 roku klub przeniósł się do Cancún. Już w pierwszym turnieju w nowym mieście zdobył mistrzostwo Apertura 2007 pod wodzą José Guadalupe Cruza. W finale z Pumas decydującego gola w 86. minucie strzelił obrońca Clemente Ovalle. Bramkarz Federico Vilar, związany z klubem od 2003 do 2010 roku, wygrał z nim zarówno ten tytuł, jak i Ligę Mistrzów CONCACAF 2008/09.
W 2014 roku Atlante spadło z najwyższej ligi. W grudniu 2021 roku wygrało turniej Apertura w drugoligowej Liga de Expansión, pokonując Tampico Madero 3:0 w finale.
Powrót do Liga MX w 2026 roku umożliwił zakup franczyzy Mazatlán FC przez Emilio Escalante. 23 kwietnia zgromadzenie klubów zatwierdziło jej przeniesienie do stolicy na turniej Apertura 2026.
Historyczna rywalizacja z Necaxą wywodzi się ze stołecznego futbolu lat trzydziestych i czterdziestych. Atlante kojarzono z ludowymi dzielnicami i robotnikami przemysłu włókienniczego, a Necaxę z pracownikami przedsiębiorstwa energetycznego.
Atlante FC gra u siebie na stadionie Estadio Ciudad de los Deportes. Stadion mieści 32 329 widzów.
